Le trouble qui a suivi la Réforme a créé un tableau de martyrs des deux côtés du fossé religieux. Un tel martyr, surnommé 'la perle d'York', était Margaret Clitherow, une Catholique loyale qui a perdu sa vie au nom du catholicisme.

Née en 1556 à York, Margaret Middleton était la fille du shérif d'York et surveillant de l'église de St. Martin dans Coney Street. Comme un enfant, Margaret aurait observé d'exposer la religion, le Protestantisme et cette affiliation religieuse semble avoir continué jusqu'au début des années 1570, jusqu'au où elle a été convertie au catholicisme par la femme du Dr Thomas Vavasour, un Catholique en vue à York. Par ce point, Margaret avait épousé John Clitherow, un boucher prospère qui possédait un magasin sur Shamble. Cependant, garder les gens d'York a fournir de la viande fraîche n'était pas le travail unique de John, qui était aussi responsable de rapporter des fidèles Catholiques aux autorités qui étaient, conformément au Règlement Élisabéthain, des Protestants. Ceci aurait presque certainement créé la tension dans leur mariage, lorsque Margaret a commencé à renverser les autorités et l'église officielle, compliquée par sa décision d'être une réfractaire dans les années après sa conversion. Les 1559 injonctions qui ont fait partie du Règlement Élisabéthain avaient mis la pénalité pour l'insubordination à 12 pound, des honoraires que John Clitherow a dû payer pour la mauvaise conduite de sa femme. C'était pour son insubordination que Margaret a été d'abord emprisonnée en 1577. Elle devait être emprisonnée deux fois plus longtemps au Château d'York mais sa durée d'incarcération finale fut deux ans. Pendant ce temps Margaret a appris à lire le latin pour réciter la messe latine, un élément clé de la foi Catholique. Margaret a trouvé les morts Catholiques dérangeant profondément et ainsi, à sa sortie de prison, elle est allée en pèlerinage pendant la nuit à la potence à Tyburn et Knavesmire où, entre 1582 et 1583 cinq prêtres ont été accrochés.

Quoique Margaret ait maintenant échappé à la mort, sa chute suprême viendraient de son désir d'émuler un modèle établi par 'le tri supérieur'. Ce n'était pas rare à ce moment pour des familles nobles d'héberger des prêtres secrètement dans leurs maisons, les cachant dans des trous ou dissimulant leurs identités en prétendant qu'ils étaient des maîtres ou des professeurs de musique pour leurs enfants. En effet, ceci s'avérait fréquemment être efficace étant donné que les familles nobles avaient l'espace, des finances et l'intention de soutenir et dissimuler des prêtres, vivant souvent dans les maisons isolées qui semblaient rarement suspectes aux gens du pays. Cependant, ce modèle ne pouvait pas être efficacement appliqué à un ménage médiocre". Margaret avait réussi la création d'une chambre dissimulée dans sa maison avec une armoire secrète dans laquelle elle a caché les vêtements de cérémonie du prêtre, le vin et le pain pour la messe, mais a échoué à garder le secret, un jeune garçon effrayé a révélé son emplacement aux autorités quand ils ont fait un raid sur sa maison en mars 1586. Margaret a été par la suite arrêtée pour héberger des prêtres, quelque chose qui avait été un délit punissable par la mort dans une Loi du Parlement de 1581. Le procès de Margaret a eu lieu à Guildhall mais son refus à être jugé par un jury l'a mené automatiquement à être condamnée à mort. Margaret est restée ferme dans ses convictions et a continué à refuser le procès par le jury, "je ne connais aucun délit dont je devrais m'avouer coupable. N'ayant fait aucun délit, je n'ai besoin d'aucun procès".

Peut-être elle était authentiquement fervente, peu disposée pour sacrifier sa religion ou peut-être elle était déterminée à devenir une martyre. Certains ont même prétendu que son refus d'arrêter sa réticence pour inclure d'autres au procès, comme ses amis et sa famille qui devrait être mis en doute à côté d'elle. Indépendamment de la cause de son insistance, elle a été emmenée au poste de péage sur le Pont d'Ouse le 25 mars 1586 et a été appuyée sous approximativement huit cents à neuf cents livres jusqu'à ce qu'elle soit morte quinze minutes plus tard. Margaret a laissé son mari et trois enfants, que Margaret avait instruit à la foi Catholique. Son fils, Henry Clitherow, est allé à l'étranger pour recevoir une formation comme un prêtre avant son retour en Angleterre comme missionnaire. Les avis sur Margaret Clitherow ont varié dans l'histoire. Beaucoup de ses contemporains l'ont considérée pour être folle tandis qu'Henry May, Lord Maire d'York et le beau-père de Margaret a prétendu que Margaret s'était suicidée. Tandis que ceci peut montrer qu'il a cru Margaret stupide dans sa décision, il montre aussi une tentative sur la défense de May pour préserver sa position. Dans la condamnation du comportement de sa belle-fille, May a montré que ses convictions personnelles ont distinctement différé de Margaret, aidant pour soutenir plutôt que diminué sa position. Quelque peu exceptionnellement, Elizabeth Ière, elle-même a semblé condamner le meurtre de Margaret, l'écriture d'une lettre aux gens d'York : a déclaré que Margaret aurait du être épargnée. Dans l'histoire plus récente, Margaret a été vénéré plutôt que condamné, étant canonisé par le Pape Paul VI en octobre 1970 comme unede quarante martyrs anglais. C'était aussi le Pape Paul VI qui l'a d'abord appelé Margaret 'la perle d'York'. Le Bar Covent à York est dit avoir une petite relique, censément la main de Margaret Clitherow. La maison de Margaret existe aujourd'hui comme un lieu saint dédié à la femme stoïque et une plaque à Micklegate commémore aussi le site de son exécution. Son jour de fête est le 26 mars.